| 第一屆 | 林茂村 |
| 第二屆 | 林茂村 |
| 第三屆 | 郭重雄 |
| 第四屆 | 鄭瑞棠 |
| 第五屆 | 林欣榮 |
| 第六屆 | 蕭水銀 |
| 第七屆 | 許重義 |
| 第八屆 | 李哲夫 |
| 第九屆 | 陳慶鏗 |
| 第十屆 | 簡正鼎 |
| 第十一屆 | 高閬仙 |
| 第十二屆 | 孫以瀚 |
| 第十三屆 | 邱麗珠 |
| 第十四屆 | 陳志成 |
| 第十五屆 | 黃怡萱 |
| 第十六屆 | 賴文崧 |
| 第十七屆(現任) | 蔡金吾 |
台灣基礎神經科學歷任理事長
| 第一屆 | 林茂村 |
| 第二屆 | 林茂村 |
| 第三屆 | 郭重雄 |
| 第四屆 | 鄭瑞棠 |
| 第五屆 | 林欣榮 |
| 第六屆 | 蕭水銀 |
| 第七屆 | 許重義 |
| 第八屆 | 李哲夫 |
| 第九屆 | 陳慶鏗 |
| 第十屆 | 簡正鼎 |
| 第十一屆 | 高閬仙 |
| 第十二屆 | 孫以瀚 |
| 第十三屆 | 邱麗珠 |
| 第十四屆 | 陳志成 |
| 第十五屆 | 黃怡萱 |
| 第十六屆 | 賴文崧 |
| 第十七屆(現任) | 蔡金吾 |